Barnmissionen har flera kontrollåtgärder. Först och främst är vi noggranna med val av samarbetspartner. En partner skall uppfylla en rad kriterier, bland annat ska de ha en årlig kontroll och revision av en auktoriserad revisor. Överenskomna rapporteringsrutiner ska efterlevas. Vi besöker partnern årligen och gör då stickprovskontroller i bokföring och arkiv samt oanmälda hembesök hos familjer som uppges ha fått en get.