Barnmissionen grundades av Sigvard Wallenberg, som var en känd svensk folkparksartist. I början av 1980-talet blev Sigvard kristen. Han kände sig kallad att evangelisera och bedriva ett globalt hjälparbete. Detta skulle ske med särskilt fokus på barn, ungdom och familjer. Sigvards vision och bön löd: ”Gud, sänd mig dit ingen annan vill gå och låt mig där hjälpa till ande, kropp och själ.”

Hjälparbetet startade i Filippinerna. Sigvard var en duktig insamlare och snart stod det klart att han behövde en juridisk plattform och en struktur för att kunna administrera arbetet. För detta ändamål bildades Stiftelsen Skandinaviska Barnmissionen med säte i Malmö. Styrelsen har på senare år beslutat att marknadsföra stiftelsen under det förkortade namnet Barnmissionen. Det juridiska namnet, Stiftelsen Skandinaviska Barnmissionen, kvarstår dock.

Genom sina insamlingsturnéer i de nordiska länderna lade Sigvard grunden för den struktur som råder än idag, med inarbetade systerorganisationer i Danmark, Norge, Finland och Färöarna.

Under tio år koncentrerades alla insatser till Filippinerna. 1992 var tiden mogen för en expansion. Sigvards son och nuvarande generalsekreterare Bo Wallenberg startade då hjälparbetet i Ukraina. 2007 utvidgades arbetet till Moldavien och Zambia. 2012 blev biståndsorganisationen NavPartners en del av Barnmissionen under konceptgrenen Devent, med ett särskilt fokus på entreprenörskap och samhällsutveckling i primärt Afrika. Därmed fick Barnmissionen flera nya verksamhetsländer i Afrika.

2014 inleddes ett fördjupat samarbete med den isländska hjälporganisationen ABC Children´s Aid som genom fadderskap ser till att många tusen barn får möjlighet att gå i skolan.

För närvarande är Barnmissionen verksam i 15 länder på tre kontinenter och hjälper varje år omkring 600 000 människor.